پوهنحی فارمسی پوهنتون عاطفی فعلا دارای یک دیپارتمنت عمومی بوده که در برگیرنده دیپارتمنت های کلیدی چون دیپارتمنت های فارمکولوژی، فارمسیوتیک، فارمسی شیمیک، فارمکوگنوزی، مایکروبیولوژی و بیوشیمی تغذی می­باشد. وظایف عمده آمریت دیپارتمنت عمومی به­طور ذیل خلاصه گردیده است:

• • نظارت از امور دیپارتمنت­ها؛
  • هم‌آهنگی میان استادان دیپارتمنت‌ و مدیریت تدریسی؛
  • تنظیم برنامه­‌های درسی، تقسیم وظایف، و جدول صنوف؛
  • ارزیابی کیفیت تدریس و فعالیت‌های علمی در سطح دیپارتمنت‌؛
  • گزارش‌دهی به ریاست پوهنحی؛
  • پیشنهاد اصلاحات در نصاب، روش‌های تدریس و تجهیزات لابراتواری.